Еще задолго до вступление на патриарший престол, Святейший патриарх Никон изъявил свое желание, построить монастырь на Валдайском озере, которое он направил царю Алексею Михайловичу в своем послании как только стал патриархом. Государь счел просьбу Патриарха богоугодным делом и отправил из государственной казны достаточно много средств для очень быстрого возведения обители.
Летом 1653 года первосвятитель направил на грандиозное строительство искусных, талантливых мастеров и зодчих с Белоруссии, а уже к осени были сделаны и подготовлены к освящению две деревянные церкви. Соборный храм был благословен и освящен в честь чудотворной иконы Божией Матери Иверской, а теплый устроен во имя святителя Филиппа митрополита Московского.
Первым делом настоятелем монастыря, Патриарх Никон, ставит архимандрита Иоиля. Патриарх очень хотел как можно скорее посмотреть на свое детище. При первом же его появлении в строящемся месте, Никон переименовал посад Валдайский в село Богородицкий, и тут же назвал Валдайское озеро Святым, освятив его молитвой и опустив на дно озера Евангелие и Животворящий Крест Господень. Сам монастырь дополнительно к прежнему значению приобрел еще одно название Святоозерский и Богородицкий.
Для прославления обители по указанию Патриарха сюда были перевезены святые мощи Иакова Боровичского из Боровичей. Это событие сопровождалось чудным явлением. Как трактует Новгородская летопись, в 1541 году, по воде на колоде плыли против течения мощи неивестного отрока, а люди испугались и оттолкнули их, в сонном видении старейшинам Боровическим явился св. Иаков и открыл свое имя и стыдил и укорял людей за его отвержение и непризнание. «И поняли тогда жители Боровичские свое неразумное отношение к явленным им мощам отрока Божия Иакова».
На месте остановки гроба была построена деревянная часовня, и в течение некоторого времени рядом с часовней появился чудесный, целебный источник. В промежуток между появлением святых мощей до их перевоза в Иверский монастырь до наших дней дошли двенадцать письменных свидетельств о чудодейственных исцелениях разных болезней людей.
24 февраля 1654 года в соборном храме Иверского монастыря произошло радостное, торжественное событие — перенос мощей праведного Иакова из ветхой, старенькой деревянной раки в серебряную. Более того, на нашу святую землю были доставлены ковчеги с частицами мощей Московских святителей Петра, Ионы и Филиппа, и других святых.
В мае 1654 года, происходит царское распоряжение о прикреплении к этому монастырю не только Валдайского озера с его всеми островами, но и других, многочисленных земель и монастырских угодий, которые прилегали к обители. Сюда были отнесены и села: Валдай, Боровичи, Вышний Волочек, Выдропужск, Едрово, Яжелбицы.
История не знает таких примеров, когда за короткий промежуток времени обители были так щедро одарены и освящены угодьями, как Валдайский Иверский монастырь, а также он был воздвигнут на одинаковую ступень с другими, замечательными, древними монастырями, благодаря исилиям Святейшего патриарха Никона.